方舟沉船是暮土地图的重要探索区域，位于墓土右侧的遗忘方舟内。玩家需从暮土初始区域向右飞行，找到黑色旗杆附近的小船，坐下后等待动画传送即可抵达。沉船区域包含六个先祖和六种光芒收集任务，其中红色光芒可直接在沉船后方田地获取，蓝色光芒需前往霞谷溜冰场水下寻找，青色光芒位于云野入口后方云层中，绿色光芒需在云野浮岛图等待飞鸟投放，紫色光芒藏于禁阁双人门隐藏图，橙色光芒则出现在雨林栈桥图左侧树林。

遗忘方舟沉船的结构分为船头、船体和船尾三部分。船头区域有先祖1和先祖6，船体上方大坑中藏有先祖3，船尾上方小山上分布先祖2和先祖4，先祖5则位于船尾后方大石头角落。探索时建议携带充能道具，因部分区域存在冥龙威胁，需利用地形遮蔽或保持低空飞行。沉船图内还分布着三个光翼和一个冥想点，其中冥想点位于黑水港湾沉船甲板，完成冥想任务需解锁特定先祖节点。

通过墓土四龙图右侧管道进入沉船图后，向深处飞行至港口区域，找到山洞内光圈并坐下等待石碑亮起，鳐鲲将赋予潜水能力。水下分为澄净海底与幽静海底两个场景，氧气条机制要求玩家及时上浮补充氧气，靠近蓝色气泡可延长潜水时间。沉船船尾的黄色罐子堆和左侧靠海平地处藏有光翼，探索时需注意无氧死角。

完成方舟任务后，魔法商店功能将解锁，可兑换改变身高的魔法及光能药剂等实用道具。沉船区域存在动态环境机制，喷发事件会伴随陨石坠落，被普通石头或红石击中不会造成实质性伤害。单人探索时建议采用高个子体型以获得更佳视野，若遇任务卡顿可尝试重启游戏检查触发条件。最终奖励包含爱心、蜡烛等道具，集齐全部先祖节点还可获得特殊装饰。